1497年 6月、ボルジア家の旧領にあたるガンディアの公爵と教皇軍最高司令官を兼任していたフアン・ボルジアがピアッツァ・デッラ・ジュディッカ（ローマ市内のゲットー）で殺害される事件が起こった [12] 。 フアンと激しい敵対関係にあった枢機卿 アスカーニオ・スフォルツァ（ 英語版 ） (イル・モーロの弟) や グイドバルド・ダ・モンテフェルトロ （ ウルビーノ公 ）らと共に、チェーザレもフアンの殺害犯として噂された [13] 。 これによってボルジア家の政治や軍事部門を担当する人物が消える事となった。 フランチェスコ・グイチャルディーニ は自著で、アレクサンデル6世がフアンを溺愛したことにチェーザレが嫉妬したのが主たる原因としている。