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    人への感染例は一般的ではないとされているが、高病原性鳥インフルエンザウイルス(H5N1型)がヒトに感染し、584 名の感染確定者と、345 名の死亡者が出た例や [3] 、鳥インフルエンザ(H9N2型)に98人が感染し、うち2人が死亡した例などがある [21] 。 家禽市場近隣の住民が鳥インフルエンザに感染したり、 養鶏 場で発生した鳥インフルエンザにヒトに感染して死亡したりなどといったさせるといった、家禽と接触した人間への感染、発病、死亡も報告されている [11] [22] [23] [21] [24] 。 感染者の死亡率は 1997年 の流行では30%であったが、2004年の流行では60〜70%と極めて毒性が強力に変異している。
    高病原性鳥インフルエンザの発生様式は、野鳥で循環し、野鳥と共存して通常害を及ぼさない低病原性鳥インフルエンザが、家禽農場に侵入して家禽の中で循環伝播を繰り返すうちに毒性の強い高病原性鳥インフルエンザに変異するという機序である。 2003年以降に大流行したGs/GD系統のH5亜型高病原性鳥インフルエンザは、既に高病原性化したウィルスが家禽や家禽関連物品の移動、さらに野鳥への伝播などで拡散している [36] 。 高病原性鳥インフルエンザのヒトへの感染例は少ない。 日本の 農林水産省 は2004年3月9日、「 鶏肉 や 鶏卵 を食べることによって、人に感染したという事例の報告はない 」と公表した [37] 。
    2005年 6月、 茨城県 および 埼玉県 で鳥インフルエンザウイルスが見つかったことから、農水省は全国的にウイルス感染状況の見直しを実施、茨城県から31か所の養鶏場でウイルス感染歴を示す抗体陽性反応が確認された。 そこで全国的に各養鶏所の鶏数十羽から気管の粘液などを採取し、ウイルスの有無を2週間毎に計6回検査する監視プログラムを実施した。 2005年11月15日までに、茨城県の国内大手の イセファーム 系列の採卵養鶏場(約77万羽)でウイルスが検出された。 農水省の監視プログラムを実施した養鶏場から鳥インフルエンザウイルスが検出されたのは国内で初めてである。
    2月23日に環境省は、先に挙げた宮崎県や岡山県で鳥インフルエンザが発生した養鶏場の付近半径約10キロで野鳥を捕獲し、ウイルス検査をしたところ陰性であったと発表した。 これらの結果を受け、宮崎県の 東国原英夫 知事は3月1日に終息宣言を発表した。 2008年 5月 秋田県 や 北海道 で オオハクチョウ の死骸から鳥インフルエンザウイルスが検出された。 2009年 2月、 愛知県 豊橋市 の ウズラ 農家で、日本では初となるH7亜型ウイルスが確認された。 2009年4月、日本獣医学会において、国内では 哺乳類 で初めてとなる野生の アライグマ からのH5N1型高病原性鳥インフルエンザウイルスへの感染が発表された [47] 。
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