16世紀には、ヘンリー8世の2番目の王妃アン・ブーリンと娘の エリザベス1世 、そしてヘンリー8世の5番目の王妃キャサリン・ハワード、イングランド史上初の女王で在位わずか9日のジェーン・グレイもロンドン塔に幽閉されている。 エリザベス1世は幽閉を解かれた後に女王として即位しているが、ほかの3人の王妃は処刑された。

ロンドン塔は牢獄としての役割も果たしており、ロンドン塔内に閉じ込められる人は、すぐ隣りのテムズ川からこの門をくぐり、ボートで運び入れられたのです。 エリザベス１世も女王になる前、「反逆者の門」をくぐってロンドン塔に幽閉されました。

1483年父が崩御すると、 兄弟たちは前国王の唯一の息子であったことで、権力を狙う者たちから命を狙われる ようになります。 そして兄が12歳、弟が9歳のとき、 摂政に任じられていたはずの叔父リチャード グロスター公によって2人はロンドン塔に幽閉 されてしまいました。