カスタムROMへの書き換えは、Androidでは違法行為や規約違反にはなりませんが、改造行為に当たるので保証の対象外になってしまいます。 ただし、発売から年数が経った中古のスマホならこの点は全く問題ないでしょう。 また、カスタムROMの焼き付けはRootから書き換える作業になるので、失敗するとスマホそのものがダメになる可能性があります。