GPKIでは政府が運営する 認証局 が証明書の発行や失効、有効性や真正性の問い合わせなどに応じ、通信の安全性を担保する。 2001年の開始当初は省庁毎に設置された府省認証局とそれらを繋ぐ総務省の ブリッジ 認証局という構成だったが、2008年に制度改正があり政府共用認証局に統合された。 民間認証局や地方自治体の認証局（LGPKI）ともブリッジ認証局を介して 相互認証 している。