特に球根に毒成分が多く、人間の致死量は１０グラム。 食べて３０分以内で吐き気や下痢、発汗、頭痛などを起こします。

ヨウシュヤマゴボウは全草に有毒成分を含んでいるため食べることはできません。 また特に根と果実に多く含まれているため多量に摂取すると命の危険すら出てきます。 含まれている成分は主にフィトラッカトキシンと呼ばれるもので摂取すると腹痛や嘔吐、下痢に腹痛などが現れます。