ただし、 ファイル共有ソフト は、自動的にファイルを送受信する仕組みであるため、違法なファイルのやり取りに利用されたり、 ウイルス の感染によって、公開するつもりのないファイルがインターネットに流れてしまったりといったトラブルが数多く発生しています。 このような被害を防ぐもっとも確実な対策は、公私ともに ファイル共有ソフト を使わないことです。

総務省の「 ファイル共有ソフトの利用とその危険性 」では、「ファイル共有ソフトは、動的にファイルを送受信する仕組みであるため、違法なファイルのやり取りに利用されたり、ウイルスの感染によって、公開するつもりのないファイルがインターネットに流れてしまったりといったトラブルが数多く発生しています」と、その危険性が記載されています。 このようなトラブルを防ぐ最も効果的な対策は、ファイル共有ソフトを使用しないことです。

また、 ファイル共有ソフト が接続する ネットワーク では、非常に多くの ウイルス が流れており、これにより感染したり、さらなる情報漏洩（ろうえい）を引き起こしたりする危険性があります。 また、現在では ファイル共有ソフト をターゲットにした ウイルス により、企業や組織の機密情報がインターネット上に漏洩してしまうという事件が数多く発生しています。 ファイル共有ソフト はできるだけ使わないことが望ましいといえます。 また自分では ファイル共有ソフト を使っていないつもりでもいつの間にか家族の誰かが勝手にインストールし、情報が漏洩してしまう事件も起こっています。