源義仲の入京後は、法住寺合戦などで対抗。 義経に助け出されると、検非違使への任命などで協調関係を築いていきました。 やがて後白河法皇は源頼朝に全国の守護権を付与。 鎌倉幕府成立の基礎を築くことに協力しています。

義経が頼朝の政策を十分に理解していなかったからとする説もあれば、義経が後白河法皇の策略に踊らされてしまったという説もあります。 後白河法皇は源氏が台頭する世のなかをよしとせず、天皇中心の政治に戻したいと考えていました。 そこで兄弟を争わせて弱体化を図ったというのです。

後白河法皇が頼朝の台頭を恐れ、その対抗馬として義経を重用したとも言われています。 これによって義経が朝廷の信頼を高め、周りの武士達の人気者となってしまうことは、朝廷から距離をおいて武家による政治社会を作ろうとしていた頼朝にとって大変な脅威でもありました。 戦をすることに長けていた義経ですが、政治には疎かったと言われています。