「ソフトウェア特許」は、ソフトウェアプログラムに関する発明ないしそれに準ずるもののみを対象とした特許のことを指します。 一方、「システム特許」は「複数の要素が関係し合って機能する状態」を特許出願するものです。 つまり「システム特許」は、複数のソフトウェアプログラム、もしくは、ソフトウェアプログラムとハードウェアが組み合わされた状態を出願対象としています。 システム特許は、特許法に記載されている用語ではありませんが、特許出願時に提出する書類上では、「～システム」といった名称をつけて手続を行います。 「ビジネスモデル特許」は、あるビジネスモデルを実現するために発明した、新たなソフトウェア技術などを対象とした特許のことを指します。

ソフトウェアの特許権とは 特許とは 特許とは、新たな発明を保護する制度です。 特許権者は発明の生産や使用を独占することができます。 しかし特許法は、発明者の利益だけを保護する法律ではありません。 発明者だけを保護して、その権利を永遠に認めると その技術が社会全体で利用されず、その技術を使った新たな技術の開発の機会が失われるなど、技術の進歩が遅れてしまいます。 かといって権利を全く認めないと、莫大な費用をかけて開発・研究をするメリットがなくなってしまいます。

特許法ではソフトウェアは 物の発明 に含まれることが 特許法2条3項1号 に規定されています。 特許権を侵害した者に対しては、 差止請求権 （特許法100条）と 損害賠償請求権 （民法709条）を行使することができます。 著作権と異なり、特許権は「 絶対的独占権 」ですので、偶然同じソフトウェアを発明した場合であっても効力が及びます。 特許権は特許庁の 審査 を通過しなければなりませんので、登録するまで約 2年 かかりますし、費用も約 60万円 かかります。