集落構造については未解明な部分が多いですが、遺跡内では関東～九州地方よりもたらされたと考えられる外来系土器が多く出土することから、日本列島の広範囲との交流があったことがうかがわれます。 また最初期の大型前方後円墳が複数築造され、その後約350年にわたって列島で盛行する前方後円墳祭祀が、この地において創出されたと推定されます。 このように纒向遺跡は他の集落遺跡にみられないような特徴を有しており、３世紀代の日本列島における極めて重要な集落が存在したと考えられています。