秘密基地の中でケンヂたちは、自然災害やウイルスにより危機的な状況に陥る未来の世界を自分たちが救う妄想をし、それを「よげんの書」と名付けたスケッチブックに描いていた。 1997年、大人になったケンヂはコンビニの店長として働きながら母親と姪とともに暮らしていた。 しかし、ケンヂの周りでお得意先の一家の失踪、動機のはっきりしない旧友の自殺など、不可解な出来事が相次いで起こる。 やがてケンヂはこれらの出来事の現場に、自分たちの子供のころの秘密基地のマークが残されていることに気づく。 一連の事件は、頭にケンヂたちの秘密基地のマークが描かれた布を被った男・通称「ともだち」と呼ばれる人物が率いた集団によって引き起こされていた。