出力したいフォルダをコマンドプロンプトで開いて doxygen -g を叩く。 なんだったらエクスプローラで出力したいフォルダを開いて、アドレスバーにこのコマンドを打ってもOK！

出力フォーマット Doxygen は、以下の出力フォーマットを 直接 サポートしています。 HTML 設定ファイルで GENERATE_HTML が YES に設定されている場合に生成されます。 設定ファイルで GENERATE_LATEX が YES に設定されている場合に生成されます。

Q：Doxygenで構造を記述して各種UML図・メッセージシーケンスチャート・フローチャート等を出力するには？ A：各種サポートツールを使用し、図の構造をテキスト等で記述し出力する。